تطبیق لکه‌های پروتئینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی بر پایه مدل‌های احتمالاتی

Authors

  • سینا شامخی گروه بیوالکتریک، دانشکده مهندسی پزشکی، دانشگاه صنعتی سهند، تبریز ایران
  • علی گویا دانشکده مهندسی برق و الکترونیک، دانشگاه شفیلد، شفیلد، انگلستان
Abstract:

تطبیق لکه‌های پروتئینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی (2DGE) یکی از فرآیندهای اصلی در تحلیل این تصاویر است. به‌دلیل چالش‌های موجود در تصاویر 2DGE همچون حضور نویز و آرتیفکت‌، تطبیق لکه‌های پروتئینی تحت نظارت کاربران انجام می‌گیرد که این نظارت موجب ایجاد خطای انسانی می‌گردد. ازاین‌رو در این تحقیق، الگوریتمی جدید و خودکار برای تطبیق لکه‌های پروتئینی، مبتنی بر مدل‌های احتمالاتی ارایه شده است. به‌دلیل پیچیدگی مدل احتمالاتی پیشنهادی، برای حل روابط آن روش بیز وردشی بکارگرفته شده است. عملکرد الگوریتم پیشنهادی به‌کمک معیارهایی آماری بر روی مجموعه تصاویر واقعی و مصنوعی تهیه‌شده در این تحقیق مورد ارزیابی قرار گرفته است. براین اساس، لکه‌های پروتئینی توسط الگوریتم پیشنهادی در تصاویر واقعی با خطای زاویه‌ای 05/0 رادیان و خطای نقطه‌ی پایانی 46/1 پیکسل و در تصاویر مصنوعی با خطای زاویه‌ای 13/0 رادیان و خطای نقطه‌ی پایانی 90/0 پیکسل تطبیق داده شده‌اند. این نتایج نشان‌دهنده دقت و کارآیی بالاتر و خطای تطبیق پایین‌تر الگوریتم پیشنهادی در مقایسه با دیگر روش‌های مورد بررسی می‌باشند.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

توسعه‌ی فیلتری جدید برای استخراج لکّه‌های پروتیینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی

الکتروفورز ژل دو بعدی یکی­از روش‌های پایه و پرکاربرد در علم پروتئومیک است. درین روش، پروتیین‌های موجود در نمونه­ی اوّلیه براساس دو ویژگی وزن مولکولی و بار الکتریکی در دو بعد ازهم جدا شده و تصویری از لکّه­های پروتیینی می­دهد. به دلیل تعداد زیاد لکّه‌های پروتیینی موجود دریک ژل نمونه که نزدیک به هم قرار دارند، پردازش تصاویر فرآیندی پیچیده است. وجود منابع نویز و آرتیفکت هم­چون شکستگی‌ها، آرتیفکت‌های ن...

full text

آنالیز تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی از نمونه های بیولوژیکی

پروتئومیک در واقع علم جداسازی و تعیین هویت پروتئینها و بررسی میزان حضور آنها در نمونه های بیولوژیکی است. در حال حاضر اساسی ترین تکنیک در جداسازی پروتئینها الکتروفورز ژل دو بعدی است که پروتئین ها را در دو بعد متعامد بر اساس شارژ و جرم مولکولی تفکیک می کند. پس از جدا سازی پروتئینها در صفحات حاوی ژل، این صفحات اسکن شده و تصویر آنها حاصل می شود. دو مجموعه تصویر در این تحقیق مورد استفاده قرار گرفتند...

15 صفحه اول

توسعه ی فیلتری جدید برای استخراج لکّه های پروتیینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی

الکتروفورز ژل دو بعدی یکی­از روش های پایه و پرکاربرد در علم پروتئومیک است. درین روش، پروتیین های موجود در نمونه­ی اوّلیه براساس دو ویژگی وزن مولکولی و بار الکتریکی در دو بعد ازهم جدا شده و تصویری از لکّه­های پروتیینی می­دهد. به دلیل تعداد زیاد لکّه های پروتیینی موجود دریک ژل نمونه که نزدیک به هم قرار دارند، پردازش تصاویر فرآیندی پیچیده است. وجود منابع نویز و آرتیفکت هم­چون شکستگی ها، آرتیفکت های ن...

full text

آنالیز داده های ژل های الکتروفورز دو بعدی با استفاده از روش های آماری چند متغیره

سابقه و هدف : در سـال های اخیـر تکنولـوژی مـربوط به تـوصــیف لکه های پروتئینی نمایان شده بر ژل های الکتروفورز دو بعدی، توسعه ی قابل ملاحظه ای یافته و نرم افزارهای متعدد آماری آنالیز ژل نیز ایجاد و گسترش یافته است که تأثیر این ابتکارات بر ارتقاء پروتئومیک بسیار چشمگیر است.آنالیز داده های عظیم پروتئومیکی با دارا بودن متغیر های زیاد نیاز به روش های چند متغیره است که امکان آنالیز آماری همزمان چندین...

full text

بررسی تغییرات پروتئینی در برگ گیاه Lycopersicon esculentum cv. Isfahani تحت تنش شوری با استفاده از تکنیک الکتروفورز دو بعدی

شوری آب یا خاک، یکی از تنش‌های اصلی است و به خصوص در مناطق خشک و نیمه خشک می‌تواند اثری منفی بر تولید محصول بگذارد. به نظر می‌رسد که گیا‌هان با مکانیسم‌های پیچیده‌ای در سطح کل گیاه، سطح سلولی و یا مولکولی به تنش پاسخ می‌دهند. از جمله این پاسخ‌ها تغییر در پروتئین‌های درگیر در مسیرهای سیگنالی تنش، پروتئین‌های مخصوص سم‌زدایی تنش اکسیداتیو و پروتئین‌های با اعمال غیر مستقیم با تنش هستند. نتایج SDS-P...

full text

آنالیز داده های ژل های الکتروفورز دو بعدی با استفاده از روش های آماری چند متغیره

سابقه و هدف : در سـال های اخیـر تکنولـوژی مـربوط به تـوصــیف لکه های پروتئینی نمایان شده بر ژل های الکتروفورز دو بعدی، توسعه ی قابل ملاحظه ای یافته و نرم افزارهای متعدد آماری آنالیز ژل نیز ایجاد و گسترش یافته است که تأثیر این ابتکارات بر ارتقاء پروتئومیک بسیار چشمگیر است.آنالیز داده های عظیم پروتئومیکی با دارا بودن متغیر های زیاد نیاز به روش های چند متغیره است که امکان آنالیز آماری همزمان چندین...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 12  issue 4

pages  261- 270

publication date 2019-01-21

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023